Действие разворачивается в XV веке в Богемии. Главным героем, как и в первой части игры, остается Индржих из Скалицы, который выступает против короля Венгрии Сигизмунда Люксембурга, чтобы отомстить за гибель родителей.
Индржих и Птачек со своим отрядом отправляются в замок Троски с целью отправить послание пану Бергову для заключения с ним потенциального союза против Сигизмунда. По пути они попадают в засаду разбойников и теряют послание. В процессе побега оба получают ранения и чуть не погибают, но приходят ночью к хижине с травницей, которая спасает и выхаживает их. После непродолжительного лечения герои направляются в замок, однако их туда не пускают по той причине, что они выглядят не как шляхтичи, а как бродяги. Далее их пути расходятся в связи с конфликтом и взаимными обвинениями. На этом заканчивается пролог и начинается свободное исследование открытого мира.
Индро узнаёт, что Бергов собирается присутствовать на местной свадьбе, после чего решает попасть туда и встретиться с паном, хотя последний на празднество так и не является. В конечном итоге на свадьбе начинается драка и героев бросают в темницу Тросок. Там Птачеку предъявляют обвинение в браконьерстве, которым он занимался до того, как попасть на свадьбу, и собираются повесить. В последний момент в замок возвращается сам Бергов и казнь отменяется. До этого момента на пана была совершена засада со стороны тех же разбойников, которые напали на Индро и Птачека в начале истории. Договориться насчёт заключения союза против Сигизмунда не вышло, пока бандиты представляют угрозу и вносят смуту в местных владениях. Выясняется, что они засели в замке Небаков, после чего Бергов поручает героям провести штурм и окончательно разгромить врагов. Но по пути в замок войско пана попадает в засаду и оказывается полностью разбито.
Героев пленили в замке Небаков, где они встречают пленного Иштвана Тота — одного из главных антагонистов первой части, который впоследствии сбегает из плена и возвращается к Бергову. Выясняется, что разбойниками командует Ян Жижка, один из главных сторонников Вацлава Люксембурга, в то время как Бергов оказался верным союзником Сигизмунда и не помышлял о том, чтобы предавать своего господина. После чего его войска осаждают Небаков и с помощью пушки «Перст Божий» им удаётся прорвать оборону и разгромить защитников крепости. Героев берут в плен, Птачека забирают для выкупа, остальных пытают в Тросках и узнают, что один из главных сторонников Вацлава, Ян Лихтенштейн, скрывается в городе Куттенберг. Иштван Тот поручает своему оруженосцу Эрику последовать за ним и предупредить Сигизмунда о предстоящем сговоре. Индро, Жижку и Богуту из темницы спасает Катерина, после чего они сбегают из замка через потайной подземный ход. Попутно Индро смог убить Тота и вернуть отцовский меч.
Дальнейшие действия игры переносятся в окрестности Куттенберга — второго по размерам города в Богемии, куда и отправился Индро со своими новообретенными союзниками. Там он продолжает помогать Жижке и Йосту Моравскому набирать сторонников в намечающейся борьбе с Сигизмундом. Кроме того, Индро освобождает Птачека из плена Бергова и уводит «Перст Божий» из военного лагеря Сигизмунда. Триумфом становится ограбление монетного двора и освобождение лояльных Вацлаву панов. Однако в конечном итоге героям приходится отступить в Сухдол, после того как всё вскрылось и начали подходить воины Сигизмунда.
Спустя некоторое время пражские войска взяли Сухдол в осаду. Защитникам крепости пришлось отправить Индро за подкреплением под покровом ночи. Также ему удаётся попасть во вражеский лагерь и отомстить за родителей, убив командующего Маркварта фон Аулитца, под руководством которого была сожжена Скалица.
После прибытия подмоги осада была снята, а пражское войско разгромлено. На фоне массовых неудач Сигизмунду пришлось покинуть страну и уехать в Венгрию. Несмотря на то, что в процессе штурма Сухдола пражанам удалось изъять серебро, у панов теплилась надежда, что это не помешает в конечном итоге освободить Вацлава и вернуть ему престол. Дальнейшая судьба Индржиха зависит от сделанных игроком выборов и принятых решений. «Всё только начинается» — сказал ему отец в напутствие.