В 1994 году Сара Коннор тренирует своего сына Джона, готовя его как будущего лидера сопротивления. Тренировки заканчиваются, когда группа воров совершает набег на их базу в Техасе и похищает Джона. Убив воров, Сара увозит Джона в расположенное неподалеку убежище и совершает набег на лабораторию Cyberdyne Systems в Сан-Франциско. Местная полиция арестовывает Сару, и помещает её в психиатрическую больницу Пескадеро в Лос-Анджелесе. Эти события в конечном итоге запускают один из возможных вариантов будущего, где человечество вступает в войну со Скайнет, а взрослый Джон принимает участие в сборе информации об оборудовании Скайнет для перемещения во времени, чтобы способствовать его уничтожению в 2029 году.
В 1995 году для уничтожения Джона Коннора прибывает терминатор T-1000. Вслед за ним перемещается и перенастроенный T-800, чтобы не допустить гибели Джона. Терминатор с Джоном спасают сбежавшую из психиатрической клиники Сару. Далее сюжет расходится по трем основным путям в зависимости от ключевых решений, принятых игроком.