Месяц спустя Сэм все еще не может смириться со смертью Лу, когда Фрэджайл, пытаясь помочь ему справиться с депрессией, приглашает его подняться на борт её корабля Magellan, чтобы пройти через врата и подключить Австралию к хиральной сети, Лу внезапно возвращается в виде BT-сущности в капсуле BB Сэма. На борту он встречает команду Фрэджайл: Тармана и Доллмана, таинственного благодетеля Дроубриджа, Чарли, и лидера Автоматизированной компании государственной помощи (APAC) - Президента. Президент объясняет, что подключение всей Австралии к хиральной сети должно активировать дополнительные литосферные врата, которые смогут соединить остальные континенты мира. Позже к команде Дроубриджа присоединяются Рейни и Хартман. Сэм приступает к своей миссии, но ему мешает возвращение Хиггса, который командует армией механизмов-призраков, терроризирующих выживших в Австралии. Кроме того, Сэму приходится сражаться с призрачным солдатом по имени Нил Вана, который, по-видимому, связан с Лу. После первой встречи с Нилом Сэм находит кокон, в которой находится девушка, страдающая амнезией, и которую Фрэджайл решает назвать Туморроу.
После нескольких столкновений Сэм наконец-то одерживает окончательную победу над Нилом. Нил передает ему устройство памяти, оставленное покойной женой Сэма, Люси. Из данных следует, что Лу на самом деле является биологической дочерью Сэма, которая, как считалось, погибла вместе с Люси. Будучи дочерью репатрианта, Лу была тайно похищена организацией Bridges и получила обозначение BB-00. Сам Нил был контрабандистом, который помогал переправлять беременных женщин с необратимыми повреждениями мозга из Мексики в UCA, чтобы удовлетворить их спрос на BB-младенцев. Он оказался знакомым Люси с детства и пытался помочь ей и Лу сбежать из Bridges. И Нил, и беременная Люси были застрелены при попытке покинуть объект Bridges, а нерожденный ребенок Люси, Лу, был извлечен из нее и незаметно помещен на хранение, пока Сэм не наткнулся на него. После этого откровения Фрэджайл торжественно сообщает Сэму, что его капсула BB была пуста на протяжении всей экспедиции, что Лу никогда там не было, и что Дроубридж позволил Сэму предаваться галлюцинациям и обманывать самого себя, чтобы он смог пережить горе и оправиться.
Тем временем Хиггс осаждает последний сетевой узел, необходимый для завершения австралийской хиральной сети. Сэм и Дроубридж пробиваются сквозь сопротивление Хиггса и активируют узел. После успешной активации сети Президент предает Дроубриджа, раскрывая, что на самом деле он является объединением четырех тысяч душ умерших людей, связанных с APAC. Он объясняет, что намерен использовать расширенную хиральную сеть, чтобы насильно изолировать всех людей на их пляжах. Также он вернул Хиггса и предоставил ему роботов-призраков, чтобы тот продемонстрировал угрозу, которая заставит Австралию принять хиральную сеть для защиты. Затем Чарли раскрывает себя как Дай-Хардман и объясняет, что он уже знал о планах Президента и тайно перепрограммировал сеть с помощью Q-Pid Сэма, чтобы Президента можно было отключить от APAS и хиральной сети, устранив тем самым угрозу для человечества.
Несмотря на поражение Президента, Хиггс возвращается и захватывает Туморроу, раскрывая, что она на самом деле является взрослой Лу. И поскольку она дочь Сэма и связана с Амели, то Хиггс намерен использовать её для продолжения своего первоначального плана - уничтожения всего человечества. Сэм и Дроубридж настигают Хиггса на пляже, где находится APAS. Сэм вступает в смертельную схватку с Хиггсом и одерживает над ним верх, используя обломки электрогитары. После появляется Лу в гигантском обличье и завершает жизнь Хиггса.
Вскоре после этого Фрэджайл умирает, и выясняется, что на самом деле она была убита Хиггсом еще во время его первоначального нападения на дом Сэма. Когда Дроубридж возвращается в мир живых, Сэм просматривает воспоминания Нила и видит, что Лу сама пережила нападение Хиггса на их дом, а Фрэджайл телепортировала её на пляж и доверила её безопасность призраку Нила, где она была заключена в кокон и подверглась ускоренному взрослению. После возвращения к Лу всех ее воспоминаний, происходит эмоциональное воссоединение ее с Сэмом.