Пиратами руководит Силукс, охотник-изгой, с которым Самус ранее уже имела дело. В ходе их столкновения Силукс случайно повреждает артефакт, в результате чего тот активируется и телепортирует всё вокруг на неизвестную планету Виврос.
На Вивросе Самус исследует Хронобашню. Она находит кристалл с экстрасенсорными способностями и обнаруживает голографическую запись от Чатойанта Вулун, последнего жреца вымершей расы Ламорнов. Находясь на грани вымирания, Ламорны разработали план сохранения своего наследия и его телепортации в новый мир с помощью Мастер-телепортатора на вершине Хронобашни.
Активировать его можно только с помощью пяти ключей, разбросанных по Вивросу. Самус прибывает в джунгли Фьюри Грин, где спасает техника Федерации Майлза Маккензи. На них нападают дикие существа, называемые гриверами.
Майлз разбивает базовый лагерь, чтобы помочь Самус. Найдя первый ключ, Самус узнает, что Ламорны с помощью телепатии культивировали дерево, чтобы вырастить плод памяти — семя, которое сохранит их наследие в новом мире. Взращивание можно завершить, только подпитывая плод зеленой энергией, — жизненной энергией, обнаруженной Ламорнами и содержащейся в кристаллах по всему Вивросу. Самус приобретает мотоцикл под названием Ви-О-Ла и сражается с Силуксом. Силукс захватывает контроль над Хронобашней, возводит вокруг нее барьер и вселяет метроидов в хранителей главного ключа телепортации.
Самус встречает солдат Федерации: Регера Токаби, Эзру Дьюка, Нору Армстронг и боевого робота VUE-995. Записи показывают, что, хотя раса Ламорнов надеялась использовать зеленую энергию для оздоровления планеты, это сделало дикую природу агрессивной и превратило Ламорнов в гриверов. Выжившие Ламорны заперлись в Хронобашне в надежде, что кто-нибудь положит конец их страданиям.
Самус завладевает ключами от телепорта и использует найденный Регером чип телепорта, чтобы найти детали меха. Майлз чинит гигантского меха Федерации, чтобы пробить силовое поле, блокирующее вход обратно в Хронобашню. Самус и отряд входят в башню и активируют главный телепорт. Силукс устраивает им засаду, но Самус побеждает его в альтернативном измерении. Силукс приходит в себя и наносит телепорту серьёзные повреждения. Солдаты удерживают его достаточно долго, чтобы Самус смогла покинуть Виврос через телепорт. Самус сажает плод памяти и ускоряет его рост с помощью психического кристалла, который прорастает в быстрорастущее психическое дерево. В знак уважения к солдатам она оставляет на дереве кулон, полученный от Регера.