В сентябре 2027 года силы НАТО готовятся к эвакуации из Грузии, чтобы освободить место для частной военной компании Pax Armata, якобы в рамках мирной передачи. Во время подготовки к брифингу старший сержант морской пехоты США Дилан Мерфи и его отряд Tempest 1-2 попадают в засаду сил Pax в ходе неспровоцированного наступления на их базу. Мерфи сплачивает свой отряд, чтобы уничтожить критически важные объекты кибербезопасности и предотвратить их захват компанией Pax Armata. Это удаётся, но во время отхода их эвакуационный вертолёт сбивают, и команда едва выживает. Затем они оказываются полностью окружены войсками Pax, что приводит к ожесточённой перестрелке, в которой погибает весь отряд, кроме Мерфи, и он остаётся единственным выжившим перед спасением.
В течение следующих нескольких месяцев генеральный секретарь НАТО был убит организацией Pax Armata, и после отсутствия реакции со стороны НАТО двенадцать стран вышли из альянса, чтобы заключить союз с Pax. Тем временем Мерфи переведен в новый отряд морских пехотинцев-рейнджеров, Dagger 1–3, под командованием агента ЦРУ Мелиссы Миллс. В марте 2028 года командир отряда Dagger, старший сержант Хэз Картер, и снайпер, штаб-сержант Симона Гекко Эспина, были отправлены в Гибралтар для оказания помощи британскому отряду в борьбе против оккупации Pax, прежде чем присоединиться к Мерфи и медику отряда Dagger, штаб-сержанту Клиффу Лопесу, в главном наступлении. В мэрии они стали свидетелями захвата и казни британского отряда местным полевым командиром Pax, Александром Кинкейдом, который впоследствии сбежал.
В июне Миллс поручает отряду Dagger вывезти генерального директора компании Pax, занимающейся биометрической диагностикой, Файека Селима из оккупированного Pax Каира, с помощью Ибрагима Аль-Хатиба, командира 777-го подразделения спецназа египетской армии. Миссия идёт не по плану, в результате чего Селим погибает, хотя отряду удаётся извлечь необходимую информацию из RFID-чипа, вживлённого в большой палец Селима. Чип показывает, что Кинкейд планирует нападение на Нью-Йорк, где проходит саммит НАТО. Отряд Dagger отправляют в Бруклин, чтобы нейтрализовать ячейку Pax, планирующую нападение. Кинкейд оказывается бывшим оперативником SAS, ранее служившим с Картером, прежде чем последний был вынужден оставить Кинкейда во время миссии. Хотя отряду удаётся нейтрализовать первоначальное нападение, они понимают, что настоящей целью Кинкейда является президент США Фернандес. На следующее утро Pax устраивает засаду на кортеж Фернандеса. Отряду Dagger удаётся вытащить президента и отвести его в безопасное место, но Кинкейд устраивает засаду на Мерфи и Картера, в результате чего Кинкейд смертельно ранит Картера ножом. Перед смертью Картер назначает Мерфи командиром отряда Dagger.
После этих событий Фернандес объявляет о создании глобальных сил быстрого реагирования НАТО, одновременно объявляя войну Pax Armata. В июле Аль-Хатиб возглавляет египетскую танковую колонну, прорывающую линии обороны Pax Armata на окраине Каира. В сентябре, с присоединением к команде агента ЦРУ Лукаса Хемлока, отряд Dagger отправляется в Таджикистан для нейтрализации противовоздушной обороны Pax Armata вблизи их базы, прежде чем присоединиться к НАТО в основном наступлении, где они уничтожают гиперзвуковые ракеты, содержащие взрывчатое и чрезвычайно разрушительное наносоединение NXC. Отряд задерживает Кинкейда, который раскрывает, что Pax Armata был тайно создан и поддерживался ЦРУ, а также утверждает, что он был агентом Миллс внутри Pax Armata, намекая на ее роль в подъеме группировки. Кинкейд пытается вытащить нож, но Хемлок застреливает его. Миллс обрывает связь с отрядом Dagger и вызывает авиаудар, чтобы замести следы, но отряду удается скрыться.
Три дня спустя отряд проникает в дом Миллс в Маклине, штат Вирджиния, где они допрашивают её и начинают собирать воедино фрагменты информации об их миссиях: Pax Armata атаковала НАТО в Грузии, потому что они охотились за проектом Велес — технологией, способной блокировать спутниковые снимки, которая хранилась на объектах, уничтоженных Мерфи; операция в Гибралтаре была их второй успешной попыткой заполучить её, что позволило им действовать незаметно в критически важных операциях, таких как в Каире, Бруклине и Таджикистане; Селим продавал информацию обеим сторонам, предоставляя Pax разведданные, необходимые для проведения штурма Бруклина. Вместе Миллс и Селим снабжали Pax NXC и разведданными о Велесе. Под давлением Миллс раскрывает, что ЦРУ планировало объединить все антиамериканские движения под одним знаменем и создать общего врага для Соединенных Штатов, с намерением в конечном итоге передать организацию одному из агентов Миллс, и что Кинкейд действительно был одним из кротов Миллс. Однако в конечном итоге Pax Armata разрослась настолько, что ЦРУ не смогло её контролировать. После того, как отряд Dagger уничтожает группу Pax Armata, отправленную для эвакуации Миллс, Мерфи, по приказу нового анонимного куратора отряда, казнит её.